Para responder pela sua missão o IM dispõe no seu quadro de pessoal de 309 funcionários, à data de 31 de Dezembro de 2011. Estes colaboradores encontram-se distribuídos no território nacional, pelos serviços centrais, Delegação Regional da Madeira, Delegação Regional dos Açores, Centros Aeronáuticos e Estações Meteorológicas.